Dungeons folgt den Abenteuern des obersten Dungeon Lords, der seine Zeit damit verbringt, ahnungslose Helden mit der Aussicht auf riesige Schätze in seine Labyrinthe zu locken, um ihnen schließlich ihre wertvolle Seelenenergie zu rauben. Da die Seelenenergie zunimmt, je glücklicher ein Held ist, muss der Dungeon Lord die Helden noch etwas "unterhalten". Hierzu lässt er sie gefälschte Goldschätze finden, ein wenig mit seinen Monstern kämpfen oder auch in Bibliotheken neue Zaubersprüche studieren, bevor er zum finalen Schlag ausholt und ihre Seelen erntet!

Doch eines Tages fällt der Dungeon Lord einem hinterhältigen Plan seiner Ex-Freundin zum Opfer, die sich selbst an die Spitze der Dungeon- Hierarchie geschwungen hat. Nun muss er sich seinen Weg noch einmal von ganz unten nach oben erarbeiten, um letztendlich Rache üben zu können.

Auf sein Geheiß hin graben Goblinarbeiter Tunnel und errichten ganze Räume oder stellen Fallen in der düsteren Unterwelt auf. Je mehr Seelenenergie er sammelt, desto weiter kann er seinen Dungeon ausbauen. Je prachtvoller der Dungeon, desto ruhmreicher (und somit wertvoller) die Helden, die sich hineinwagen. Auf diesem Wege verhilft der Spieler dem Dungeon Lord zu seiner wohlverdienten Rache und trifft dabei auf unzählige Helden und verfeindete Dungeon Lords, die sich ihm entgegenstellen.